西瓜枯萎病在西瓜的全生育期均能發生，但以結瓜期發病最重，發病后全株枯萎絕產。該病的病原菌在土壤中、病殘體或種子上越冬，通過家畜消化道仍能保持生活力。病菌通常通過種子、農家肥、灌水或雨水等傳播，主要由根部傷口或根毛頂端侵入。

為了防止枯萎病的發生，近些年來河北省樂亭縣的瓜農都以根系抗枯萎病菌的葫蘆、瓠子、冬瓜、南瓜等做砧木，實行嫁接，也就是把西瓜的根換成抗枯萎病菌的葫蘆、瓠子、冬瓜、南瓜的根，收到了立竿見影的效果，實現了西瓜地可以連年重茬種植。但是在實踐中，我們發現有的地塊雖然也是定植的嫁接苗，可一到結瓜期仍有少數植株感染枯萎病而死秧。原因何在？原來，西瓜蔓在生長伸長過程中，一般要用土團或土塊壓蔓三次，有的土團、土塊被雨淋過后變為一灘泥，當這灘泥壓住西瓜蔓的葉腋部位時，西瓜蔓便會從葉腋部位長出側根，扎進土里，枯萎病菌便從側根根毛頂部侵入，使植株感病枯萎。

簡便有效的防治方法是，用土團或土塊壓蔓時，要遠離蔓的葉腋部位。一旦下雨，土團變成泥，壓住葉腋部位時，雨后要把葉腋部位的泥土清理凈。