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南方一些地區冬季氣候變化無常，當長時間無冷空氣南下，陽光普照時，冬眠的甲魚就會蘇醒覓食，當寒流南下白天氣溫低到12℃以下時，甲魚又進入冬眠狀態。如果不加強管理，奇冷奇熱的天氣甲魚往往會因凍傷感染水霉病和細菌性疾病，造成損失。因此必須采取如下措施。
一、選好越冬塘。越冬塘一般應選在遠離村鎮無廠礦污染源，且灌排水源方便的池塘，水深最好2m以上，淤泥厚度30cm左右，面積2—3畝，背風向陽更佳。有條件者可以分級分規格（親鱉、成鱉、幼、稚鱉）越冬。在秋收割禾前將甲魚進行體表消毒（用4％的鹽水浸洗10分鐘后）落塘養殖過冬。無條件者則原池越冬。
二、對水質消毒。越冬前，先將水質用標準漁藥進行水質消毒。毒性過后（約7—10天）即可將甲魚落塘越冬。由于水溫時高時低，越冬的甲魚在蘇醒3天后則進行水質消毒一次，每月保持對水質消毒一次。水質消毒應選用對甲魚刺激性小的表面活化劑類或碘類藥物消毒，而不要選用對甲魚刺激性大的含氯試劑或生石灰消毒。
三、加強水質管理，保持水質清新。水體要求透明度30cm，PH值7.5—8.5，總氨氮小于1.5mg／l，硫化氫小于0.06mg／l，溶解氧大于4mg／l。其次用竹桿在池塘一角用竹（網）片每畝圍圈60—70m2水面種植鳳眼蓮（水浮蓮、水仙）之類的水生植物。以凈化水中各種有害的物質如油類、苯胺、甲苯銨、凈化酚及有害的化學元素如銀、鋁、鎘、磷、鉀、氮、鐵、鈉等�；蛲斗庞幸婕毦Ｈ绻夂霞毦⒘蚧毦�、硝化細菌。增加水中溶解氧，減少水中有害物質，抑制有害細菌生長繁殖。還可用沸石粉或底凈藥物來凈化池塘底質淤泥中的有害物質。三是每畝池塘適量放鰱魚60尾，鳙魚20—30尾混養。以鰱魚濾食浮游植物（藻類），鳙魚濾食浮游動物，有效控制浮游生物過量繁殖，保持水質合理穩定。四在水溫連續幾天在20℃以上時，天氣晴朗適當灌入30cm新水，排放部分老水，淡化毒物，增加水體溶氧量，保持水質肥、活、嫩、爽。
四、甲魚在越冬期間，水溫上升到20℃以上時中途會蘇醒，這時應投喂飼料，補充身體消耗掉的能量。但如果進行水上投喂，甲魚反應遲鈍，一般不上來攝食，故要實行水下投喂方式。最好投喂新鮮魚類，投喂辦法是用鐵絲穿過魚頭部，并吊掛在水中待甲魚攝食2—3個小時后才將殘餌消除干凈，以免污染水質環境，要求每天投喂一次。當水溫轉冷后（20℃以下）甲魚又轉入冬眠期，就不需投喂。
