新挖魚塘、老塘改造清淤都要做好清塘消毒工作。一般每畝一米深的水面放生石灰75-100公斤，山茶麩50公斤打碎浸水一夜后全塘均勻潑灑，也可先潑灑石灰后再潑灑茶麩，或潑灑茶麩后再潑灑生石灰，相隔3-5小時。生石灰能殺死野雜魚、病毒、細菌和寄生蟲，中和酸性，釋放營養素，改良底質和水質，使水體成為微堿性；而茶麩因含皂解甙毒素，一樣能殺死野雜魚和某些病菌寄生蟲，培育水質，毒性過后，茶麩也是魚種苗喜歡攝食的餌料。而越冬魚塘在放種前1-2天也要水質消毒，每畝水深1米的水面用漂白粉1公斤進行水質消毒殺菌，然后再放魚種苗落塘養殖。

二、魚種消毒

不管怎樣小心操作拉網，捕捉魚種苗時因魚類密集受驚跳動，難免會擦傷魚體，感染或滋生細菌、寄生蟲。所以魚種苗落塘前需用4%的鹽水進行魚體表消毒10-15分鐘后，再慢慢放到魚塘養殖，以減少日后發病死亡率。

三、食場消毒

食場消毒很重要，可以節約養殖成本，食場消毒因地制宜，平原區以化學藥物為主，山區可以就地取材用中草藥，以節約成本，減少污染。食場消毒一般有如下幾種方法：

漂白粉掛簍法

養魚的池塘，食場一般用竹竿搭成三角形或四方形的食臺架，掛簍按食場的大小而定。一般每個食場掛3-6只，每只竹簍中裝漂白粉3-5克(可用塑膠袋裝漂白粉，用針尖刺破幾個小孔讓水進出)，掛在食臺架周圍，竹簍稍露出水面。竹簍掛好后，將飼料放在食臺架里，每次連掛3-5天，每天換藥一次。

硫酸銅和硫酸亞鐵合劑掛袋法

在魚池食場架上掛袋3-6只，每只袋裝硫酸銅5克，硫酸亞鐵2克，每次掛藥3天，每天換藥一次。布袋要求細密，使藥液不會很快消失，至少延續8個小時溶解完，才符合標準。

中草藥浸掛法

常用的中草藥有青松毛，楓楊樹枝葉，苦楝樹枝葉等。在魚病流行季節，每月在食場浸泡1-2次。浸掛方法是在每個食場用新鮮的青松毛，楓楊樹枝葉，苦楝樹枝葉等各25公斤，分成5-6捆，浸掛在食場周圍，7-10天后取出放在塘基曬干，燒成草木灰可作基肥用。

四、魚塘全面消毒

1、按每畝水深1米的水面，用含氯量30%的漂白粉1公斤全塘均勻潑灑，可預防細菌性魚病，每月二次。
 
　　2、每畝水深1米的水面，用生石灰20公斤化水全池均勻潑灑，可預防爛鰓病，每20天一次。

3、每畝水深1米的水面，用90%晶體敵百蟲0.2公斤化水溶解全池潑灑，可殺滅中華魚蚤，錨頭虱的幼蟲。
 
　　4、每月用硫酸銅與硫酸亞鐵合劑(5：2)全池潑灑，可殺滅寄生蟲和因水體過盛產生的藍綠藻類。

魚池潑藥消毒要視天氣、水溫、魚群活動情況安排。天氣正常，水溫正常，魚群無異常可在下午3-4時潑灑藥水；如果下暴雨，氣壓低，水溫過低，缺氧浮頭和魚群有異常則不能用藥，否則會惡化水體環境和加重魚類病情，造成經濟損失。