母牛懷孕后，各器官發生一定的生理變化，對藥物的反應與未孕母牛不完全相同，藥物的分布和代謝也受妊娠的影響。因此，孕畜臨床不合理用藥將導致胚胎死亡、流產、死胎和胎兒畸形，從而造成醫源性疾病。

1、孕牛發生疾病用藥治療時，首先考慮藥物對胚胎和胎兒有無直接或間接的嚴重危害的作用。其次是藥物對母牛有無副作用與毒害作用。

2、懷孕早期用藥要慎重，當發生疾病必須用藥時，可選用不會引起胚胎早期死亡和致畸作用的常用藥物。

3、孕牛用藥劑量不宜過大，時間不宜過長，以免藥物蓄積作用而危害胚胎和胎兒。

4、孕牛應慎用全身麻醉藥，驅蟲劑和利尿劑。禁用有直接或間接影響生殖機能的藥物，如前列腺素、腎上腺皮質激素、促腎上腺皮質激素和雌激素。嚴禁使用子宮收縮的藥物，如催產素、垂體后葉制劑、麥角制劑、氨甲酰膽堿和毛果蕓香堿。使用中藥時應禁用活血祛瘀、行氣破滯、辛熱、滑利中藥，如桃紅、紅花、烏頭等。對云南白藥、地塞米松等也應慎重使用。

5、用藥時必須考慮藥物對胚胎和胎兒有無潛在性危害作用，但要改變那種認為“孕畜用藥都是有害”的觀點。為了胚胎和胎兒的安全而延誤孕牛的治療，反而損害母牛的健康，造成母牛與胎兒雙亡現象。因此，孕牛患病時應積極用藥治療，確保母體健康，力求所用藥物對胚胎和胎兒無嚴重危害作用。