南瓜的花、葉、種子及果實都有特殊的藥效。除了能去熱、止瀉、去炎、促進母乳分泌之外，還能去除體內多余的水份，有特殊的利尿作用。
其中的種子部分常被利用做為治百日咳的妙藥。感覺喉嚨疼痛時，把冰糖加入干燥后的南瓜籽中一起煎煮飲用，可以解除疼痛。