牛蒡和山藥一樣，很容易流失水份或產生木質化現象，所以買回家后要趁早食用，由於牛蒡在保存期間會不斷變硬，香氣也會逐漸散失，因此最好不要大量購買。牛蒡若一時吃不完，可以先將要食用的份量切下清洗，原則上較細的一端先食用，剩余的部份不要碰到水，用報紙或保鮮膜包住，放在陽光曬不到的陰涼場所，另外也可用沾濕的報紙包裹牛蒡，放在冰箱冷藏室的最下層即可。
如果買回來的牛蒡還帶有葉子，必須先將葉子切除再保存，否則葉子會繼續吸收水份，讓牛蒡可食用的部份變得乾枯；如果真的保存過久，牛蒡已經風乾枯萎了，不妨先放在水中一段時間后再行烹調。此外，你也可以將牛蒡煮熟后分裝在塑膠袋中，再放入冷凍庫中保存，如此不但能延長保存期限，烹調時也只需解凍即可使用，十分快速方便。