（一）接種：將已劃塊的豆腐坯放入蒸籠格或木框竹底盤，豆腐坯需側面放置，行間留空間（約1㎝左右），以便通氣散熱，調節好溫度，有利于毛霉菌生長。每個三角瓶種加入冷開水400ml，用竹棒將菌絲打碎，充分搖勻，用紗布過濾，濾渣再加400ml冷開水洗滌一次，過濾，兩次濾液混合，制成孢子懸液。可采用噴霧接種，也可將豆腐坯浸沾菌液，浸后立即取出，防止水分浸入坯內，增大含水量影響毛霉生長。一般100㎏大豆的豆腐坯接種兩個三角瓶的種子液，高溫季節，可在菌液中加入少許食醋，使菌液變酸（PH4）抑制雜菌生長。或將生長好麩曲接種，低溫干燥磨細成菌粉，用細篩將干菌粉篩于豆腐坯上，要求均勻，每面都有菌粉，接種量為大豆重量的1%。（家庭作坊式的生產也可直接利用空氣中的毛霉菌和根霉菌進行自然接種，但要求要有一間干凈的、溫度比較垣定和好控制的自然培養室）。 
（二）培養：將培養盤堆高疊放，上面蓋一空盤，四周以濕布保濕，春秋季一般在20℃左右，培養48小時，冬季保持室溫16℃，培養72小時，夏季氣溫高，室溫30℃，培養30小時。（如采用自然接種，要求的時間長一些，冬季約為10—15天）發酵終止要視毛霉菌老熟程度而定，一般生產青方時發霉稍嫩些，當菌絲長成白色棉絮狀即可，此時，毛霉蛋白酶活性尚未達到高峰，蛋白質分解作用不致太旺盛，否則會導致豆腐破碎（因臭豆腐后期發酵較強烈）。紅腐乳前期發酵要稍老些，呈淡黃色。 
前期發酵毛霉生長發育變化大致分為三個階段：即孢子發芽階段、菌絲生長階段、孢子形成階段。（注意事項：當豆腐坯表面開始長有菌絲后，即長有毛絨狀的菌絲后，要進行翻籠，一般三次左右） 
（三）腌坯：當菌絲開始變成淡黃色，并有大量灰褐色孢子形成時，這是即可散籠，開窗通風，降溫涼花，停止發霉，促進毛霉產生蛋白酶，8—10小時后結束前期發酵，立即搓毛腌制。進入腌坯過程，先將相互依連的菌絲分開，并用手抹到時，使其包住豆腐坯，放入大缸中腌制，大缸下面離缸底20㎝左右輔一塊中間有孔直徑約為15㎝的圓形木板，將毛坯放在木板上，沿缸壁排至中心，要相互排緊，腌坯時應注意使未長菌絲的一面靠邊，不要朝下，防止成品變型。采用分層加鹽法腌坯，用鹽量分層加大，最后撒一層蓋面鹽。每千塊坯（4×4×1.6㎝）春秋季用鹽6㎏，冬季用鹽5.7㎏，夏季用鹽6.2㎏。腌坯時間冬季約7天，春秋季約5天，夏季約2天。腌坯要求NaCl含量在12—14%，腌坯后3~4天后要壓坯，即再加入食鹽水，腌過坯面，腌漬時間3—4天左右。腌坯結束后，打開缸底通口，放出鹽水放置過夜，使鹽坯干燥收縮。 
后期發酵 
后期發酵是利用豆腐坯上生長的毛霉以及配料中各種微生物作用，使腐乳成熟，形成色、香、味的過程，包括裝壇、灌湯、貯藏等工序。 
（一）裝壇取出鹽坯，將鹽水瀝干，點數裝入壇內，裝時不能過緊，經免影響后期發酵，使發酵不完全，中間有夾心，將鹽坯依次排列，用手壓平，分層加入配料，如少許紅曲、面曲、紅椒粉，裝滿后灌入湯料。 
（二）配料灌湯配好的湯料灌入壇內或瓶內，灌料的多少視你所需要的品種而定，但不宜過滿，以免發酵湯料涌出壇或瓶外。 
【腐乳湯料的配制，因配料不同，形成腐乳各種花色品種和風味。 
紅方腐乳湯料：紅曲3㎏、面曲1.2㎏、黃酒12.5㎏、浸泡2—3天，磨細成漿后加入黃酒57.8㎏,白糖4㎏。順序加曲面150g，荷葉1—2張，封面食鹽150g，封面燒酒150g。【紅曲的制作工藝：由于紅曲的制作工藝相當復雜，不適合家庭作坊式生產，一般市面上有售，這里就不作詳細論述。】 
青方腐乳湯料：用冷開水450g，黃漿水75g，再毛花鹵及鹽水補足，所用濃度為8%左右，每壇加封面燒酒50g。 
白方腐乳湯料：用16%的鹽水配制含12度米酒作為湯料（酒的用量一般為2—4%）在氣溫較高的季節也可以加少許黃漿水以增加風味。 
辣方腐乳湯料：1千塊用46度燒酒9㎏、辣椒粉0.9㎏左右、12度的甜酒10㎏左右、紅曲1㎏左右、白糖1.2㎏、味精10g。 
配料的制備：采用獨特的混合香辛調料，其中混合香辛調料的配比為：1㎏混合香辛調料中，良姜0.20㎏，辣椒粉（辣椒粉要求細而無霉變，質量上等）0.50㎏，花椒0.12㎏、陣皮0.04㎏、桂皮0.04㎏、甘草0.03㎏、芝麻0.03㎏(要求花椒、陣皮、桂皮、甘草昆合烘干磨粉后加入)、白糖0.04㎏(如采用的湯料是辣方腐乳湯料可不加)、味精0.02㎏(如采用的湯料是辣方腐乳湯料可不加)。以上各配料混合在一起拌勻，加入少許熱沸的油可白酒，也可加入許的黃漿水調濕。】 
（三）封口貯藏裝壇灌湯后加蓋（建議采用瓷壇并在壇底加一兩片洗凈并涼干的荷葉，再在壇口加蓋荷葉），再用水泥或豬血拌熟石膏封口。在常溫下貯藏，一般需3個月以上，才會達到腐乳應有的品質，青方與白方腐乳因含水較高，只需1~2個月即可成熟。 
【注意事項：壇子要采用沸水滅菌后，到扣瀝水降溫到室溫才可裝壇。】