醬油是傳統產品，醬油生產要經過菌種選育、原料處理處理、制曲及發酵過程，基本的道理都是利用有益微生物的生理活動及其代謝產物，形成色、香、味俱佳的調味品。醬油的釀造，特別是醬油獨具的風味，是多種微生物共同發酵、綜合作用的結果。

       

        參與發酵豆類生產醬油的微生物稱為醬油微生物。由米曲霉產生的酶系將豆類中的蛋白質、淀粉和脂肪水解成氨基酸、糖等，再經耐鹽乳酸菌和耐鹽酵母菌發酵生成酒精、有機酸和酯，便成為醬油。醬油生產中一些菌株會以一定的頻率發生自然突變，或者發酵過程中產生其他菌群。

　　目前醬油生產采取的工藝多為開放式，產品在加工過程中受到外界微生物的污染，常常引起醬油發霉變質。發酵過程中,從空氣中落入酵母菌和細菌也進行繁殖,也分泌多種酶酵母菌發酵成酒精,由乳酸菌發酵成乳酸。為了防止雨水、雜菌落入,必須在發酵過程中加強衛生管理。同時發酵容器周圍也要經常清洗,保持良好衛生發酵條件。

        醬油制醅時成曲拌鹽水的多少，是醬醅中關鍵問題。鹽水的濃度要嚴格掌握。鹽度過高可抑制微生物繁殖，但使發酵速度受影響；鹽度過低則容易引起醬醅酸敗。
       
        醬油是含有18種氨基酸以及多肽，還原糖，多糖醇類、醛、酯、有機酸等成份，營養豐富的功能性食品，特別適合微生物繁殖。