高分子磁性微球技術屬于磁性分離技術，是將分離技術的高選擇性、高回收率的特點與磁性材料的磁可導性相結合的一種新的分離技術，特點是操作簡便、快速，分離效果好，在細胞分離、分類，蛋白質提純，核酸分離等領域有著廣泛的應用。

一. 細胞分離

    高分子磁性微球作為不溶性載體，可在其表面接枝具有生物活性的吸附劑或其它配體等活性物質，利用它們與特定細胞的特異性結合，在外加磁場的作用下可將細胞分離、分類。可用于細胞的分類以及對其種類數量進行研究。
    在細胞分離中，高分子磁性微球通過免疫邏輯反應或非免疫邏輯反應，可用來分離不需要的細胞(消極選擇)，或富集所需的細胞(積極選擇)。這個理論可用來從骨髓中移走癌細胞(骨髓的純化)，通過對組織培養液的積極或消極選擇，純化細胞群，從而進行各種細胞免疫分析等。
    磁性微球分離法與常用的細胞分離方法相比，要更加簡便、快速、高效，在這一領域已顯示出引人注目的應用前景。

二. 蛋白質提純

    蛋白質的磁分離是通過對磁性微球表面進行改性，共價結合能被目標蛋白質識別和可逆結合的配基，然后對目標蛋白質進行分離。
    在磁分離過程中，將磁性微球直接放入含有目標蛋白質的混合溶液中，目標蛋白質與磁性微球緊密結合，
然后利用外部磁場進行分離。
    以磁性微球為固相介質對蛋白質進行提純是一種新興的蛋白分離技術。與傳統分離方法相比，蛋白質的磁分離技術具有快速、高純、高收率等優點。

三. 核酸分離

    高分子磁性微球可用于分子生物學領域，進行DNA和RNA的分離、純化。傳統的核酸分離技術存在的缺點是耗時多, 難以自動化,不能用于分析小體積樣品, 分離不完全, 而使用高分子磁性微球進行核酸分離則可以避免這些局限。
    高分子磁性微球分離核酸，是基于堿基配對原則，通過偶合與目標核酸堿基互補的一段引物鏈而達到分離目標核酸的目的。
    與傳統的核酸分離技術相比，這種分離方法更加簡單、快速、選擇性高。例如偶合有寡聚糖(Oligo(Dt)25)的磁性微球可以快速、高效地對mRNA進行純化。純化后的mRNA可以直接用來建立cDNA文庫和RT-PCR擴增。提取鍵合在蛋白質上的特種DNA通常困難而費時，如果使用DNA親和磁性微球，則可顯著縮短提取時間。DNA通過一個鏈霉素抗生蛋白生物素鍵連接到磁性微球上，在外加磁場的作用下，帶有特種DNA的磁性微球可以迅速分離，經過洗滌后，可以得到高純度的DNA。
    與磁性高分子微球結合的DNA在分子生物領域應用很廣，例如DNA結合在磁性微球上，可用來提純結合在蛋白質上的DNA；采用雜交技術還可對mRNA進行純化和探測等。