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1.緩沖系統：在沒有離子存在時,電導率最小,DNA不遷移,或遷移極慢,在高離子強度的緩沖液中,電導很高并產熱,可能導致DNA變性,因此應注意緩沖液的使用是否正確.長時間高壓電泳時,常更新緩沖液或在兩槽間進行緩沖液的循環是可取的.
2.瓊脂糖：不同廠家、不同批號的瓊脂糖,其雜質含量不同,影響DNA的遷移及熒光背景的強度,應有選擇地使用.
3.凝膠的制備：凝膠中所加緩沖液應與電泳槽中的相一致,溶解的凝膠應及時倒入板中,避免倒入前凝固結塊.倒入板中的凝膠應避免出現氣泡,影響電泳結果.
4.樣品加入量：一般情況下,0.5cm寬的梳子可加0.5μg的DNA量,加樣量的多少依據加樣孔的大小及DNA中片段的數量和大小而定,過多的量會造成加樣孔超載,從而導致拖尾和彌散,對于較大的DNA此現象更明顯.
5.電泳系統的變化會影響DNA的遷移,加入DNA標準參照物進行判定是必要的.
6.DNA樣品中鹽濃度會影響DNA的遷移率,平行對照樣品應使用同樣的緩沖條件以消除這種影響.
7.DNA遷移率取決于瓊脂糖凝膠的濃度,遷移分子的形狀及大小.采用不同濃度的凝膠有可能分辨范圍廣泛的DNA分子,制備瓊脂糖凝膠可根據DNA分子的范圍來決定凝膠的濃度.小片段的DNA電泳應采用聚丙烯酰胺凝膠電泳以提高分辨率.
