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廢液的處理
食品微生物實驗室廢水來自有致病菌的培養物、洗滌水以及其他診斷檢測樣品等。對于實驗室產生的廢水，應盡快消毒滅菌，嚴防污染擴散，要加強污染源管理。
廢液處理方法有化學藥劑法和熱力消毒滅菌法。根據不同的處理對象和處理要求采用不同的方法對廢液進行處理。
(一)化學藥劑法
化學消毒藥劑按其殺菌由強到弱可分為滅菌劑、消毒劑、抑菌劑。廢水化學法消毒最好采用相關發生器、虹吸投藥法或高位槽投藥法，也可以在廢水入口處直接投加。投放液氯用加氯機，投放二氧化氯用二氧化氯發生器，投放次氯酸鈉用發生器或液體藥劑，投放臭氧用臭氧發生器，投放過氧化氫用過氧化氫發生器。
(二)物理熱力法
生物安全實驗室物理熱力法廢液處理系統是通過加熱方式連續對廢液進行消毒滅菌處理的，目的是使廢液在盡可能短的時間內得到處理，避免引起污染擴散。
連續式廢液消毒滅菌是一種對生物性廢液進行滅菌的新技術，主要運用于生物安全實驗室廢液的處理。實驗室產生的廢液通過雙層排水管道從廢液入口進入緩沖儲液罐，產生的廢氣經過高效過濾器除菌后從透氣管排出。當液面達到一定的高度時，廢液出口閥門自動打開，同時啟動流速控制泵。將廢液以設定流速壓入預加熱/冷卻柜進行預加熱處理，之后進入電加熱滅菌器，在滅菌器內廢液通過電加熱滅菌盤管進行高溫滅菌。已滅菌的廢液再進入預加熱/冷卻柜經緩沖管后進行冷卻，冷卻后的廢液通過排污口排出。如需如此處理，則通過回流管回流至儲液罐，或直接進行再次連續處理。預加熱/冷卻柜通過熱交換器，使已滅菌的高溫廢液對進入的待處理廢液進行預加熱，同時自己得到冷卻，以節約能源。與傳統的儲罐式滅菌技術相比，連續廢液消毒在效率、有效性、安全性和節約成本等方面都有了很大提高。
（三)混合處理法
對于生物安全實驗室來說，其實驗的對象種類較多，需要對廢液進行不同的處理，適用于采用化學藥劑和物理熱力混合法處理系統。該系統將熱力法連續廢液滅菌系統與化學藥劑處理裝置結合，對廢液進行熱力滅菌處理和化學藥劑處理，還可對滅菌系統內管道進行化學消毒。
(四)第二級廢水處理系統
第二級廢水處理系統可以處理經生物安全實驗室內第一級廢液處理系統處理后排出的廢水,還可以處理來自食堂、洗澡池、衛生間、洗手盆的一般生活污水及普通實驗過程中排放的無致病性微生物，但含有其他化學污染物的廢水。第二級廢水處理系統具備有效去除酸堿、重金屬、有機溶劑及殺滅一般微生物的功能，使處理后的水質達到排放或中水回用的標準。
第二級廢水處理系統的原理及工藝流程如下：來自生物安全實驗室的廢水經隔油器除油，同生活污水經由孔徑為10mm的格柵除去較大的固體漂浮物后，匯集到調節池進行混合處理，再經直徑2mm~5mm的格柵處理，除去直徑大于5mm的固體漂浮物，進入初沉池。沉淀后上清液流入生化處理池進行生化處理，再經二次沉淀池沉淀后進入接觸池進行最后處理，符合GB 8978《國家污水綜合排放標準》后排放。
廢氣的處理
食品微生物實驗室的排風、儀器設備(生物安全柜、通風柜等)的排氣會帶有致病微生物，這種廢氣如果直接排放到實驗室外，將會感染人群及動物，引起流行病暴發，嚴重威脅人類生命健康。因此，實驗室產生的廢氣，經過嚴格消毒處理后方可排放。
食品微生物實驗室的污染廢氣主要來自實驗室空調通風系統、生物安全柜、負壓通風柜、干/濕熱消毒滅菌器、離心機排風罩等易產生帶菌、帶毒氣溶膠的設備的排風，以及焚燒爐排放的煙塵等。
對安裝的送排風系統的實驗室總體要求是控制實驗室的氣流方向和壓力梯度，使通過初效、中效、高效三級過濾器后的氣體由清潔區流向污染區；室內采用上送下排，使污染區和半污染區的氣流死角和渦流降至最小程度；特別要指出的是，要確保實驗室空氣只能通過高效過濾器經專用排風管道排出。第一級高效過濾器應安裝在實驗室排風管道的前端(其他通風設備同理).若需加裝第二級排風高效過濾器，應將其串接在離第一道高效過濾器后500 mm以遠至排風機之前的地方(選擇易維護、易操作和易更換的地方，如排風機技術夾層)。高效空氣過濾器的安裝與更換應牢固、符合氣密性要求，并應由有資質的技術人員來進行。通常高效過濾器在更換前應經過消毒滅菌，或采用可在氣密袋中進行過濾器更換的位置。坐應急處理時維修人員應身著防護服，更換下來的高效過濾器應立即進行消毒或焚燒。每個高效過濾器在安裝、更換、維護后都應進行檢測，運行期間要進行日常監視，并根據實際情況定期進行檢測，以確保其性能。應能控制實驗室排風系統與其他排風設備(生物安全柜、負壓通風柜、動物負壓隔離器、離心機排風罩等）排風的壓力平衡和響應速度匹配。應安裝自動聯鎖裝置，確保實驗室內不出現正壓和確保其他排風設備氣流不倒流。實驗室的排風應經高效過濾后由排風機向空中排放。外部排風口應遠離送風口，并設置在主導風的下風向，應至少高于所在建筑屋面2m以上，應有防雨、防鼠、防蟲設計，但不影響氣體直接向上空排放。在送風和排風總管處應安裝氣密性密封閥，必要時可完全關閉以進行室內或風管化學熏蒸或循環消毒滅菌。
固體廢棄物的處理
固體廢棄物是指人類在生產、建設、日常生活和其他活動中產生的，且對所有者在一定時間和地點已不再具有使用價值而被廢棄的固態或半固態物質。
《中華人民共和國固體廢物污染環境防治法》(中華人民共和國主席令第三十一號， 2004年12月29日)中規定了工業固體廢物和生活垃圾污染環境的防治，并對危險廢物污染環境的防治做出了特別規定。
食品微生物實驗室的固體廢棄物來源于實驗器材廢物、含有傳染性生物因子的廢棄樣本和培養物、廢棄的感染動物、實驗室廢棄的空氣凈化材料等。食品微生物實驗室產生的廢棄物屬危險廢物，不能回收利用，必須經滅菌處理后丟棄或焚燒處置后填埋。固體廢物由于不適當地處理、儲存、運輸、處置或管理上的疏忽，會對人體健康或環境造成顯著的威脅。應按照《中華人民共和國固體廢物污染環境防治法》的規定進行污染廢物的收集、運輸、儲存。
所有棄置的樣本、培養物和其他生物性材料應棄置于專門設計的、專用的并有標記的用于處置危險廢棄物的容器內，并集中存放在指定地點。在從實驗室取走之前，應通過高壓滅菌、化學消毒或其他被認可的技術進行處理，然后置于密封的容器中，分類做上標記，由專人安全運出實驗室。生物廢棄物容器的充滿量，不能超過其設計容量。利器(包括針頭、小刀、金屬和玻璃等)應直接棄置于耐扎容器內。培養物必須經121℃ 30min高壓滅菌。
載玻片上的活菌標本應裝于密閉容器中進行高壓滅菌，或經3%來蘇爾溶液或5%石炭酸溶液浸泡24 h后方可丟棄。染菌后的吸管，使用后放入5%煤酚皂溶液或石炭酸液中，最少浸泡24h(消毒液體不得低于浸泡的高度)再經121℃30 min高壓滅菌。涂片染色沖洗片的液體，一般可直接沖入下水道，致病菌的沖洗液須沖在燒杯中，經高壓滅菌后方可倒入下水道。做凝集試驗用的玻片或平皿，必須高壓滅菌后才能洗滌。打碎的培養物，立即用5%煤酚皂溶液或石炭酸液噴灑和浸泡被污染部位，浸泡30 min后再擦拭干凈。污染的工作服或進行致病菌檢測所穿的工作服、非一次性的實驗帽和口罩等，應放入專用消毒袋內，經高壓滅菌后方能洗滌。
實驗室應確保由經過適當培訓的人員，使用適當的個人防護裝備和設備處理危險廢棄物。不允許積存垃圾和積存實驗室廢棄物，已裝滿的容器應及時封存，在去污染或最終處置之前，應存放在指定的通常在實驗室區內的安全地方。
