《指南》涵蓋生產者資質、生產環境條件、進貨查驗、生產過程控制、委托生產、產品檢驗、貯存及交付控制、不合格食品管理和食品召回、標簽和說明書、食品安全自查、從業人員管理、信息記錄和追溯、食品安全事故處置、前次監督檢查發現問題整改情況等14個方面的重點檢查內容，并詳細列明了相關檢查方法、檢查依據和檢查中的常見問題等。